Главное, что нужно запомнить - способности нельзя приобрести, с ними рождаются. Описанная ниже классификация нестрогая, имеют право на жизнь некоторые отклонения от нее, но суть в том, что категории и ступени развития основаны на статистике. А исключения, как известно, лишь подтверждают правило. Всего можно взять не более двух категорий способностей, причем наиболее часто встречающиеся сочетания - стихия и какая-то еще.
Можно подразделить способности на четыре большие категории: стихийные, физические, ментальные, магические.

Стихийные.
Как явствует из названия, управление стихиями. Всего их, в пику популярному заблуждению, не четыре, а пять - к Воздуху, Земле, Огню и Воде присоединяется Молния. Человеку подвластна лишь одна стихия. Условно выделяют три ступени владения стихийными навыками:
- новичок: впервые прикоснувшийся к дремлющей внутри него силе. Практически не способен ее контролировать, и в девяти случаях из десяти призванная стихия делает то, что захочет сама. И вместо миленького маленького костерка вполне можно получить пожар, пожирающий гектары леса. Более того, на первом этапе допустима работа лишь с уже существующими проявлениями стихии - нельзя призвать огонь из ничего, нельзя ударить молнией с небес.
- ученик: существенно более высокая степень контроля. К тому же, появляется возможность призывать маленький клочок стихии "из ничего" и усиливать уже существующие проявления стихий. Ученик начинает делать первые робкие шаги на пути к производным от изначальных стихий, но пока слишком слаб для того, чтобы осознанно ими управлять.
- мастер: близкий к идеальному контроль. Мастер, к тому же, может открыть в себе другие, гораздо хуже поддающиеся управлению "элементы". Наиболее известные из них: для Воды - Лед, для Молнии - Магнетизм, для Земли - Дерево, для Огня - Магма, для Воздуха - Дым. Но, говорят, есть и другие...
На самом деле стихий несколько больше, но Свет с Тьмой стоят особняком и потому не могут быть рассмотрены в числе прочих. А все потому, что эта парочка совершенно не поддается контролю, и пытающийся силой извлечь скрывающуюся в нем мощь ничего хорошего не добьется. Потому разделение по ступеням овладения последними двумя стихиями немного иное:
- новичок: тот, кто уверен, что сможет чего-то добиться, если будет приказывать стихии "сделать то-то и то-то". Эффект получается не прямо противоположный, но всегда отличный от желаемого. Вместо появления маленького шарика Света по глазам бьет ослепительная вспышка, а пятно Тьмы засасывает в никуда любимую кружку.
- ученик: тот, до кого дошло, что эти стихии можно исключительно направлять - мысленно указывать желаемое и предоставить им сделать все остальное. К таким Свет и Тьма более благосклонны, потому шансы на успех задуманного существенно повышаются. На этой ступени проявляются первичные силы великих стихий.
Свет - "скорость": двойная природа обычного света позволяет владеющему стихией становиться то набором частиц, то волной, благодаря чему происходит практически мгновенное перемещение в пространстве. Если изловчиться, то можно, сохраняя и полученную в волновом состоянии скорость, и массу тела, получить на выходе такую кинетическую энергию, что обладающий ей без труда пробивает насквозь толстые металлические пластины.
Тьма - "поглощение": достаточно вспомнить, что такое "черная дыра", и все сразу станет ясно. Поглощено может быть абсолютно все, но разнится необходимое для этого время. Более того, чем большую площадь поверхности объекта покрывает Тьма (предстающая то в виде черного дыма, то маслянистой на вид жидкости, то густого тумана), тем быстрее идет процесс. Наиболее умелые ниндзя способны направить Тьму на поглощение способностей противника - временное, конечно же.
- мастер: редко кто задерживается на второй ступени, предпочитая получить максимум возможного от столь потрясающей способности... И вот тут-то показываются первые побочные эффекты. Оттачивая навыки, меняешься не только в области владения способностью - изменения претерпевает и разум. Приверженцы Света становятся более прямолинейными, более не ищут легких путей и обходных троп, всегда говорят искренне и живут в соответствии с хитрой системой законов, изобретенных обществом или ими самими. Несущие в сердце Тьму развиваются в противоположном направлении, ценя свою личную свободу и независимость во всех ее проявлениях, невозмутимо искажая истину и думая головой, а не мышцами. Но и это далеко не все - достигшие полного слияния со стихией теряют личность, становясь бездушными марионетками повелевающей ими силы. Увы, такова плата за дарованную мощь.

Физические.
Улучшение работы какого-то из органов (или их совокупности). Тем не менее, у всякого физического навыка имеется какой-то недостаток. С рождения может иметься от одного до трех физических навыков, и развиваться будет именно используемый, а не все сразу.
Физическая сила: при отсутствии необходимой крепости тела ударом можно не только размазать противника по стенке, но и сломать себе руку, например. Это помимо известных неудобств, связанных с чрезмерной силой - хотел взять карандаш, а вместо этого сломал стол, на котором тот лежал.
Ловкость: гибкость и подвижность компенсируются низкой силой, которую просто невозможно поднять выше определенного уровня.
Быстрота: относительно сбалансированное умение. Но не стоит забывать о неумолимой инерции...
Выносливость: сокращенная продолжительность жизни. В среднем - процентов на пятнадцать-двадцать, но увеличивается это число прямо пропорционально уровню стойкости.
Пять чувств: плохой контроль. Высока вероятность спонтанной активации.
Регенерация: истощение ресурсов организма. Чем больше нужно регенерировать, тем больше на это необходимо энергии, а она из воздуха не берется.
Контроль боли: проблемы с нервной системой.
Управление гормонами: частая смена настроения, вызванная бурей этих самых гормонов, и патологическая неспособность мыслить здраво.
Абсолютная память: возможны нарушения моторных функций (проблемы с опорно-двигательной системой).

Ментальные
В отличие от предыдущей категории, ментальные способности можно начать использовать только осознанно (хотя они и будут с переменным успехом пытаться активироваться сами, участие сознания для полноценного применения все же необходимо). Потому, если подавлять их, то ничего страшного с не использующим дарованный природой талант не произойдет. А вот при длительном и частом применении в голове заводятся тараканы, называемые психозами. И вывести их практически невозможно. Можно иметь лишь одну ментальную способность.
Телепатия: чтение мыслей. Психоз: спонтанное применение.
Химерия: создание иллюзий. Психоз: привыкание к иллюзиям, потеря возможности и/или желания отличить реальность от порождения собственной фантазии.
Ауспекс: предвидение будущего. Психоз: непрерывное применение, затруднение возвращения в настоящее.
Помешательство: излучение концентрированного безумия. Психоз: любое достаточно серьезное расстройство психики. С излечением оного пропадает и возможность применения способности.
Доминирование: подчинение других своей воле. Психоз: эмпатическая слепота, нежелание понимать чувства других.
Присутствие: повышенная харизма, возможность вызывать у других восхищение любым своим словом, действием и даже самим фактом своего присутствия неподалеку. Психоз: бессознательное применение.
Шестое чувство: обострение интуиции. Психоз: отрицание логического восприятия мира, сумбурность мышления.
Особняком стоит ментальная блокада, которая частично или полностью защищает владеющего ей от любых посягательств обладающих ментальными же способностями. Психоз (куда же без него): усиленное ограждение себя от внешнего мира.

Магические
До жути редко встречающиеся (по одному-два человека на способность) и не терпящие конкуренции (значит, кроме них взять ничего не получится) умения. Тем не менее, они не только невероятно могучи, но и не имеют влияющих на организм или психику побочных эффектов, в отличие от двух прошлых категорий.
Смена облика: возможность как угодно изменять тело в рамках homo sapiens. Рост, вес, цвет кожи, телосложение, лицо, волосы... Что душа пожелает.
Анимализм: способность принимать облик животного какого-то конкретного вида, а также возможность общаться с представителями этого вида даже в человеческом облике.
Чтение волн: как звуковых, так и любых прочих. Не факт, что всегда можно будет понять содержащуюся в их движении информацию, конечно...
Гниение: возможность порождать микроорганизмы любых известных использующему способность видов, равно как и уничтожать их в радиусе полуметра.
Управление тенями: можно удлинить их, укоротить, даже перевести в третье измерение; можно закутаться в них, как в вуаль, или запустить парочку противнику в глаза.   
Контроль гравитации: в разумных пределах и в очень небольшом радиусе.

Список составлен для ролевой Tokio: world of shinobi и копированию не подлежит. Отдельная благодарность сайту, посвященному Миру Тьмы, за любезно предоставленную информацию.
Byakuran.